倉庫的結構對實現倉庫的功能起著很重要的作用。因此，倉庫的結構設計要有講究，從出入庫作業的合理化方面考慮，盡可能采用平房建筑，這樣儲存產品就不必上下移動，因為將儲存產品從一個樓層搬運到另一個樓層費時費力。

電梯往往是產品流轉中的一個瓶頸，因為有許多材料搬運機通常都會競相利用數量有限的電梯，影響庫存作業效率。但是在城市內，尤其是在商業中心地區，那里的土地有限或者昂貴，為了充分利用土地，采用多層建筑成為了最佳的選擇。在采用多層倉庫時，要特別重視對上下樓的通道設計。

出入庫口尺寸的大小是由卡車是否出入庫內決定的，同時也由所用叉車的種類、尺寸、臺數、出入庫次數，保管貨物尺寸大小所決定的。庫內的通道是保證庫內作業的暢順的基本條件，通道應延伸至每一個貨位，使每一個貨位都可以直接進行作業，通道需要路面平整和平直，減少轉彎和交叉。

庫房內的立柱是出入庫作業的障礙，會導致保管效率低下，因而立柱應盡可能減小。但當平房倉庫梁的長度超過25米時，建立無柱倉庫有困難，則可設中間的梁間柱，使倉庫成為有柱結構。不過在開間方向上的壁柱，可以每隔5-10米設一根，由于這個距離僅和門的寬度有關，庫內又不顯露出柱子，因此和梁間柱相比，在設柱方面比較簡單。

在開間方向上的柱間距必須和隔墻、防火墻的位置，天花板的寬度或是庫內開間的方向上設置的卡車停車站臺長度等相匹配。由于實現了倉庫的機械化、自動化，因此現在對倉庫天花板的高度也提出了很高的要求。使用叉車的時候，標準提升高度為3米，而使用高端門架的時候要達到6米。

從托盤裝載貨物的高度看，包括托盤的厚度在內，密度大且不穩定的貨物，通常以1.2米為標準。密度小而穩定的貨物，通常以1.6米為標準。以其倍數(層數)來看，1.2米/層×4層=4.8米，1.6米/層×3層=4.8米，因此，倉庫的天花板高度最低應該是5-6米。